Zur Saison 2005/06 wurde Pinola erneut von Atletico Madrid ausgeliehen und wechselte für ein Jahr zum deutschen Bundesligisten 1. FC Nürnberg. In der Hinrunde kam der Argentinier noch unregelmäßig zum Einsatz, in der Rückrunde gehörte er aber fest zum Stamm der Mannschaft. Mit Platz 8 erreichte der Verein die beste Platzierung seit den frühen 90er Jahren. Deshalb wurde zunächst der Leihvertrag bis 2007 verlängert und, nachdem man sich mit Madrid auf eine Ablösesumme einigen konnte, unterschrieb Pinola bis 2010 beim FCN. Im Erfolgsjahr 2006/07 stand er ab dem zweiten Spieltag in allen Saisonspielen auf dem Platz. Als linker Außenverteidiger gehörte er zur erfolgreichsten Abwehrreihe der Bundesliga mit nur 32 Gegentoren gleichauf mit Schalke 04. Noch erfolgreicher verlief der Pokalwettbewerb, in dem er alle Spiele bestritt und mit zwei Torvorlagen und zwei Treffern in Elfmeterschießen zum Erreichen des Finales und dort schließlich zum Sieg über den Meister VfB Stuttgart beitrug. Nach der Saison wählte das Kicker Sportmagazin Pinola zum besten Außenverteidiger der Rückrunde 2006/07....
Am 13. Juni 2010 wurde schließlich bekannt gegeben, dass Pinola trotz mehrerer Angebote anderer Vereine weiterhin beim 1. FC Nürnberg unter Vertrag stehen wird. Am 4. Juli 2010 unterschrieb er einen neuen Dreijahresvertrag bis 2013.

Sein letztes Spiel für den Glubb absolvierte er am 33. Spieltag der Saison 2014/2015 beim TSV 1860 München.
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